Le développement économique des zones côtières et les changements dans l’occupation des sols (par exemple, le drainage agricole) ont considérablement accru les apports en nutriments dans les eaux côtières. Cette augmentation peut entraîner une eutrophisation, c’est-à-dire un accroissement de l’apport en matière organique dans l’écosystème, ce qui perturbe son équilibre naturel. Les manifestations les plus évidentes de l’eutrophisation sont les proliférations d’algues disproportionnées, la désoxygénation et l’acidification de l’eau, avec des conséquences considérables sur la mortalité des organismes marins présentant un intérêt économique potentiel. À ce jour, plus de 400 écosystèmes côtiers affectés ont été signalés comme étant des zones pauvres en oxygène ou des zones mortes, y compris l’estuaire du Bas-Saint-Laurent. Bien que les processus biogéochimiques impliqués dans le cycle sédimentaire de l’azote (NC) soient désormais bien cernés, on en sait peu sur l’influence du contexte environnemental sur leur occurrence et leur vitesse. De nombreux paramètres influencent le cycle de l’azote sédimentaire, tels que les concentrations de NO₃ et d’O₂ dans les eaux de fond, la réactivité de la matière organique apportée aux sédiments ainsi que la structure des communautés des écosystèmes concernés. De plus, le changement climatique en cours et les altérations de la biodiversité qui y sont associées sont susceptibles de modifier le rythme et les voies dominantes du cycle de l’azote sédimentaire.